Prevenindo que a aplicação clássica Skype comece
Com a janela de aplicação clássica Skype, faça o seguinte: 
- Navegue para Ferramentas* > Opções*. 
- Realce a secção Configurações gerais na parte superior-esquerda. 
- Desmarcar a opção para Iniciar o Skype quando inicio o Windows à direita. 
- Clique no botão Salvar*.
 
Prevenir que o Skype para Windows 10 (Skype UWP) arranque
Por outro lado, se esta for a aplicação UWP*, essas opções não estarão disponíveis. Com base numa pergunta  semelhante na página web da Microsoft Answers , o seu Moderador da Comunidade Skype explicou o que precisa de ser feito: 
& > A nova aplicação Microsoft Skype para Windows 10 (Skype UWP) nunca esteve presente no separador Startup. As aplicações Windows não são geridas da mesma forma que uma aplicação Win32. O clássico Skype para Windows Desktop é uma aplicação Win32, Skype UWP não é. 
Se fechar o seu computador sem sair da aplicação UWP Skype, então no próximo arranque do computador, o Skype será executado automaticamente em segundo plano. Para maximizar o UWP do Skype, basta clicar no ícone da aplicação. 
& > Se preferir não estar automaticamente conectado no Skype para Windows 10, pode sair da aplicação. Depois disso, não o iniciaremos automaticamente. 
& Por outras palavras, Os utilizadores de UWP do Skype simplesmente precisam de fazer logoff a partir da aplicação para evitar que esta se inicie automaticamente durante um login subsequente no Windows 10. 
Como alternativa potencialmente viável aos conselhos do Moderador da Comunidade Skype, pode  desligar a aplicação de fundo  funcionalidade para Skype. Navegar para o seguinte local: 
Start > Settings > Privacy
Certifique-se de que seleccionou Background apps no lado esquerdo, desça à direita até encontrar a entrada para Skype e mude o deslizador para Off*. 
    
     
Dito isto, para além das vantagens óbvias, existem pequenas  inconvenientes em utilizar este método : 
Tenha em mente que há uma desvantagem nisto. Se impedir que a aplicação de Alarmes funcione em segundo plano, por exemplo, os alarmes que colocar não soarão. Se impedir que a aplicação Mail funcione em segundo plano, ela não o notificará de novos emails. As aplicações normalmente funcionam em segundo plano para actualizar as suas peças ao vivo, descarregar novos dados, e receber notificações. Se quiser que uma aplicação continue a executar estas funções, deve permitir que ela continue a correr em segundo plano. Se não se importar, sinta-se à vontade para impedir que a aplicação funcione em segundo plano. Ainda pode utilizar a aplicação normalmente, mas poderá ter de esperar que ela vá buscar novos dados depois de a lançar. 
Desinstalar a aplicação clássica do Skype
Levando-a um passo mais além, se quiser remover a aplicação por completo, a aplicação clássica Skype Win32 será listada dentro da aplicação Programs and Features applet no Painel de Controlo. Basta realçar a entrada Skype na coluna Name e seleccionar o botão Uninstall perto do topo.
Desinstalar Skype para Windows 10 (Skype UWP)
Em contraste, a aplicação Skype UWP* não será encontrada em Programs and Features. Como resultado, se quiser remover essa versão em particular, navegue para o seguinte local: 
Start > Settings > Apps
Certifique-se de que seleccionou Apps & features na parte superior esquerda, desça à direita e clique com o botão esquerdo do rato em Skype para seleccionar Uninstall. 
Notavelmente, se a aplicação Skype UWP* já estiver em execução, antes de tentar a Uninstall poderá ter de seleccionar primeiro Advanced options, depois escolher Terminate para “Terminar imediatamente esta aplicação e os seus processos relacionados” Depois disso, seleccionar Uninstall como desejado. 
Leitura adicional:  Descarregar Skype para mais funcionalidades que a versão incorporada do Windows 10