Como é que eu disparo para um directório de destino diferente?

Pedir gunzip para produzir a saída padrão e redireccionar para um ficheiro nesse directório:

gunzip -c file.gz > /THERE/file

zcat é um atalho para gunzip -c.

Se desejar disparar múltiplos ficheiros, itere sobre todos os ficheiros:

for f in *.gz; do
  STEM=$(basename "${f}" .gz)
  gunzip -c "${f}" > /THERE/"${STEM}"
done

(aqui basename é usado para obter a parte do nome do ficheiro sem a extensão)

Se precisar de extrair um único ficheiro e escrever num directório de raiz, então use sudo dd:

zcat filename.conf.gz | sudo tee /etc/filename.conf >/dev/null

Se o ficheiro for proveniente de uma fonte remota (ou seja, ssh, curl https, etc.), pode fazê-lo desta forma:

ssh remoteserver cat filename.conf.gz | zcat | sudo tee /etc/filename.conf >/dev/null

(Note que estes exemplos só funcionam para um ficheiro single, ao contrário do exemplo *.gz, que é todo o ficheiro gzipado no directório).

Pode tentar com > redireccionar o resultado para o local que deseja.