A resposta da DerfK sugere pdftk, que é um bom ajuste mas não é fornecido no Fedora já que pelo menos o Fedora 21.
pdf-stapler
Uma alternativa (na verdade listada no Fedora 23 quando se procura um pacote pdftk) é pdf-stapler :
pdf-stapler cat input.pdf 1D output.pdf
irá rodar em 180° (D) a primeira página (1) de input.pdf para output.pdf. Ver pdf-stapler -h.
pdfjam
Acabei de reparar que o preenchimento do separador me sugeriu pdf180 (juntamente com pdf90 e pdf270). Este é um wrapper para pdfjam --suffix rotated180 --angle 180 --fitpaper true input.pdf, que pode usar tão simplesmente como
pdf180 input.pdf -o output.pdf
(sendo -o output opcional, se não for fornecido pdf180 irá sair para $PWD/input-rotated180.pdf).
Outras alternativas
Respostas a esta pergunta em pergunta. fedora.org, para além de explicar porque é que o pdftk não está disponível para o Fedora uma vez que (pelo menos) o Fedora 21, vale a pena verificar uma vez que eles listam várias outras alternativas, que presumivelmente são capazes de rodar os PDFs.