Em vez do Movie Rotator ou MPEG StreamClip (da Square5.com), que são aplicações limitadas, recomendo AVIDemux . É um editor de vídeo de código aberto que pode, entre outras coisas, abrir arquivos MOV e salvá-los como AVI sem perdas, ou processá-los e aplicar filtros como rotação.
AVIDemux é útil, por exemplo, quando você tem um vídeo que foi rodado apenas durante parte da sua duração, por exemplo, quando o operador de câmera mudou do modo retrato (e. por exemplo, gravar a fala de uma pessoa) para o modo paisagem (por exemplo, para gravar a reacção da audiência).
Mas acima de tudo, eu recomendaria evitar os produtos Apple que emitem vídeos em formato .MOV.