O problema descrito na pergunta acontece quando um empty/novo documento é definido como “ANSI”, e  Unicode  caracteres são colados nele. 
Não há nenhuma auto-detecção quando utilizado com um documento vazio/novo, pelo menos não na versão do Notepad+++ que testei (v5.4.5). “ANSI” é o padrão no Bloco de Notas++ para um novo documento, a menos que definido no menu Configurações → Preferências separador → Documento novo/ Directório de Salvamento Aberto. 
Solução 
A solução é definir a codificação para  UTF-8  antes de colar, menu Formato → Código em UTF-8: 
    
     Exemplo 
Copiei algum texto para um novo documento Notepad++, Russo (русский язык, russkiy yazyk), de Firefox mostrando a página da Wikipedia  língua russa _. 
Se a codificação _ não_ foi alterada de “ANSI” este é o resultado: 
    
     Se a codificação _ foi_ alterada este é o resultado: 
    
     Como se pode ver na figura abaixo (a parte  Cirílico  está destacada), o Bloco de Notas+++ converte efectivamente os caracteres Unicode em ASCII 63 (hexadecimal 3F), pontos de interrogação. É por isso que os caracteres Unicode se perdem (no modo “ANSI”) ao copiar o texto através da prancheta (é não um problema de fonte - a informação perde-se). 
    
     Testado em: Bloco de notas++ v5.4.5 (UNICODE).