A protecção da pasta por palavra-passe não fará muito se eles próprios puderem entrar como administradores e reivindicar a propriedade do directório.
Sugiro a instalação do TrueCrypt, e a sua utilização para criar um volume encriptado baseado em ficheiros. Em seguida, coloque o seu directório DropBox dentro dele, e só as pessoas que conhecem a palavra-passe de desencriptação podem chegar até ele.
Note que poderiam facilmente instalar um keylogger no seu PC para aprender a sua palavra-passe de desencriptação sem o seu conhecimento.
Além disso, a renúncia exigida: Verifique com o seu departamento de TI, e não faça nada contrário à política de TI estabelecida. Muitas vezes as organizações desaprovam o uso pessoal de bens de trabalho (o seu PC) e recursos (a largura de banda utilizada para descarregar de/transferir para a DropBox), por isso certifique-se de que não está a violar nenhuma regra que o possa colocar em apuros.