Em termos de eficiência espacial, as unidades de atribuição de menores dimensões têm um melhor desempenho. O espaço médio desperdiçado por ficheiro será metade do AUS escolhido. Assim, 4K de resíduos 2K por ficheiro e 64K de resíduos 32K. No entanto, como o Jonathon salienta, as unidades modernas são enormes e não vale a pena desperdiçar um pouco de espaço e isto não deve ser um factor determinante (a menos que esteja num SSD pequeno).
Compare 4K vs 64K de desperdício médio de caixa (32K-2K = 30K), para 10.000 ficheiros que só saem a 300.000KB ou cerca de 300MB.
Em vez disso pense na forma como o sistema operativo utiliza o espaço. Digamos que você tem um arquivo de 3K que precisa crescer 2K. Com um AUS de 4K os dados precisam de ser divididos em dois blocos - e podem não estar juntos para que se obtenha fragmentação. Com um AUS de 64K há muito menos blocos para acompanhar e menos fragmentação. 16x o tamanho do bloco significa 1/16º do número de blocos a guardar.
Para um disco multimédia onde as suas fotografias, música e vídeos são guardados (ficheiros normalmente 1MB+) utilizo o maior AUS. Para uma partição de arranque do Windows utilizo o Windows default (que é 4K para qualquer unidade NTFS menor que 16TB).
Para descobrir qual o tamanho do cluster num disco existente:
fsutil fsinfo ntfsinfo X: