Tive este problema e utilizei com sucesso a ideia de mover e/ou apagar itens de forma incremental.
Não consegui mover uma pasta com duas subpastas e ficheiros. Era uma pasta antiga, por isso não havia maneira nenhuma de que algo imaginável a pudesse ter utilizado. Utilizei o monitor de recursos (caixa “pesquisa”, acima da secção direita da sub-janela de manuseamento e ficheiros sob a actividade da CPU) para verificar que a janela de processo do Explorer tinha algo associado. O ÚNICO processo associado a eles era a janela de visualização (Explorer) e eles parecem ter estado lá apenas porque estavam dentro da lista de pastas que estavam a ser visualizadas. Nenhum outro processo estava activo.
Caso contrário, não existiam processos activos que utilizassem estes ficheiros ou pastas. Verifiquei se havia ficheiros de bloqueio ou outras coisas estranhas como ficheiros ocultos ou de sistema e não havia nenhum. O prompt de comando não ajudou. Cada item tinha o mesmo nome, e eu também não podia mover a pasta principal no DOS. NOTHING parece explicar porque não pude apagar a pasta principal, pelo que obviamente o meu conhecimento dos meandros é deficiente.
Consegui utilizar o Windows Explorer para mover os ficheiros de cada pasta para outra pasta (até utilizei os mesmos nomes de pastas, mas não copiei o nome no caso de existir um carácter invisível). Depois de mover os ficheiros, apaguei as pastas. Depois coloquei-as todas numa estrutura de ficheiros duplicada exactamente onde a antiga “estava”, para ver se conseguia (eu conseguia). Finalmente, movi a pasta (e conteúdo) para o seu novo destino pretendido. Estou contente! :-)