Em sftp este comando carrega recursivamente o conteúdo do directório actual para o directório actual remoto:

put -r .

Ver man sftp .

Embora não estritamente equivalente ao sftp, rsync é uma alternativa muito poderosa para scp e sftp, especialmente quando actualiza as cópias da máquina A para a máquina B, pois não copia os ficheiros que não foram alterados; também é capaz de remover ficheiros da máquina B que foram eliminados da máquina A (apenas quando é dito para, claro).

No seu caso, a sintaxe seria

rsync -zrp /home/a/ user@remote.host.com:/home/b/

A opção -r é para copiar recursivamente ficheiros, -z permite a compressão durante a transferência, e -p preserva as permissões do ficheiro (criação do ficheiro, edição, etc.) ao copiar, o que é algo que o scp não faz AFAIK. Muitas mais opções são possíveis; como de costume, leia as páginas man.

scp (cópia segura) é o Linux de facto para a transferência de ficheiros através de um túnel seguro. No seu caso, gostaria de utilizar o interruptor recursivo, por exemplo

scp -r /home/a/ user@remote.host.com:/home/b/

Tente usar

put -r /home/a/ /home/b/

para mais informações, verifique: isto

Na verdade, colocar -r deve funcionar. Mas a pasta de destino precisa de estar presente no seu anfitrião remoto:

sftp> put -r sourcefolder
 Uploading sourcefolder/ to /user/folder
 Couldn't canonicalize: No such file or directory
 ....
sftp> mkdir sourcefolder
sftp> put -r sourcefolder
 Uploading sourcefolder/ to /user/folder/sourcefolder
 Entering sourcefolder/
 sourcefolder/file1
 sourcefolder/file2

No meu caso rsync não era possível, por isso usei:

mput -rp /home/a/ /home/b/