Acabo de ter este mesmo problema com exactamente os mesmos sintomas num ASUS K56CA que desencaixotei ontem, e ainda bem que não cheguei primeiro a este fio. Muitos bons conselhos, mas nenhum deles (teria) me ajudado!
Experimenta um stick USB diferente. Eu estava a usar um stick U3 de 16GB que nunca teve problemas em arrancar em qualquer computador baseado em BIOS, e nunca consegui que aparecesse de forma fiável no menu de arranque. (Uma vez que apareceu no menu F9, apenas após tinha-o removido durante o arranque.)
Mudei para um PNY Attache de 2GB “24x” que tinha deitado, sem partição U3 incorporada, e apareceu imediatamente quando tive qualquer imagem de suporte EFI copiada para ele. Infelizmente ainda não consegui arrancar a partir do USB. (O Grub carregava, mas não adorou depois de seleccionar qualquer escolha no menu de arranque)
Finalmente consegui arrancar o Ubuntu usando um suporte de DVD com a mesma imagem gravada nele. O pessoal útil do canal #ubuntu /freenode
IRC informou-me que não precisa de uma imagem especial secure-linux-12.10-anyfoo.iso
como o guia do Ubuntu indica, basta usar uma imagem actualizada 12.10 amd64 e terá incluído suporte de arranque EFI.
Para mim, depois de tudo isto, apareceu alegremente no menu F9 ou ESC para o arranque alternativo.