Se quiser mover o conteúdo de um directório de origem e todos os seus subdirectórios para um directório single destination (ou seja, aplanar a estrutura de pastas), é muito fácil e nem precisa de se preocupar com a linha de comandos.
Basta ir para a pasta de origem de nível superior (cujo conteúdo quer copiar), e na caixa de pesquisa do Explorador do Windows digite * (apenas uma estrela ou asterisco). Isto irá mostrar todos os ficheiros e subpasta sob a pasta de origem. Agora basta ordenar por Tipo para agrupar todos os ficheiros, seleccioná-los todos, depois cortar/copiar e colar na pasta de destino.
Se também tiver ficheiros escondidos e do sistema, em Organizar → Opções de pasta e pesquisa → separador Ver certifique-se de que Mostrar ficheiros escondidos… está seleccionado, e Esconder ficheiros protegidos do sistema operativo está desmarcado.