Isto também me aconteceu quando eu incapacitei a captura de ratos. O cursor do rato fora da VirtualBox ficou preso num lugar (porque eu o desactivei) e o novo ponteiro do rato na VirtualBox torna-se invisível.
A melhor coisa para resolver este problema é utilizar realmente um dispositivo externo, tal como um contador de PC com paus analógicos. Assim, ligue primeiro o controlador do seu PC ao dispositivo externo que desejar, depois descarregue um programa gratuito chamado JoyToKey ou algo semelhante. Eu sugeriria JoyToKey, funciona perfeitamente.
Agora, abra JoyToKey e mapeie as teclas do seu teclado, como w,a,s,d ou up, down, left, right e left and right mouse clicks, incluindo o rolo médio do rato, e o eixo de movimento do rato (o que usa para mover um rato, mapeei o meu nos meus paus analógicos do controlador para mover o ponteiro) para o controlador do seu PC.
Em seguida, abra a VirtualBox (desactivar a captura). Desta forma, pelo menos agora pode mover o ponteiro que estava inicialmente preso num só lugar com o seu controlador de PC.
Então, se quiser usar em Unity3d, abra agora Unity3d. Mova o seu ponteiro usando o seu dispositivo externo, tente pré-visualizar um jogo que fez, e agora pode olhar à sua volta usando o rato! Alternativamente, desactive a aceleração do hardware (arraste o cursor para nenhum em vez de cheio) nas opções de Visualização quando dentro do VirtualBox, (contudo isto não funciona se quiser usar o Unity3d, porque o ponteiro ainda desaparece quando pairar sobre o programa)