Uma vez que está a utilizar o Notepad++, presumo que esteja a utilizar o Windows. Tem algumas outras opções para ordenar alfabeticamente o conteúdo de grandes ficheiros de texto. 
O meu favorito pessoal é PowerShell. Pode usar o  Sort-Object cmdlet . O comando seguinte mostra um exemplo de como utilizar a cmdlet. Primeiro lemos o conteúdo (Get-Content) do MyFile.txt, passamo-lo para a cmdlet Sort-Object (Sort) e produzimos o resultado para um novo ficheiro (Out-File). 
Get-Content MyFile.txt | Sort | Out-File MySortedFile.txt
Outra opção é usar o comando  sort  no Prompt de Comando. 
sort MyFile.txt /o MySortedFile.txt
Finalmente, a última opção é utilizar uma ferramenta online:  miniwebtool.com  ou  sortlines.com  fará o trabalho.