Uma vez que está a utilizar o Notepad++, presumo que esteja a utilizar o Windows. Tem algumas outras opções para ordenar alfabeticamente o conteúdo de grandes ficheiros de texto.
O meu favorito pessoal é PowerShell. Pode usar o Sort-Object cmdlet . O comando seguinte mostra um exemplo de como utilizar a cmdlet. Primeiro lemos o conteúdo (Get-Content) do MyFile.txt, passamo-lo para a cmdlet Sort-Object (Sort) e produzimos o resultado para um novo ficheiro (Out-File).
Get-Content MyFile.txt | Sort | Out-File MySortedFile.txt
Outra opção é usar o comando sort no Prompt de Comando.
sort MyFile.txt /o MySortedFile.txt
Finalmente, a última opção é utilizar uma ferramenta online: miniwebtool.com ou sortlines.com fará o trabalho.