Primeiro o ! é o símbolo do NOT.
iptables -A INPUT -p tcp -m tcp -m multiport ! --dports 80,443 -j DROP
Segundo, as regras que escreveu podem não ter os resultados esperados. Deixa-se cair tudo, incluindo a resposta à ligação na porta 80. Por conseguinte, não poderá ligar-se a ela diz para efeitos de um servidor web.
Estas regras permitem conexões RELACIONADAS e ESTABELECIDAS, pelo que um servidor web deve funcionar, se é isso que está de facto a tentar fazer.
iptables -A INPUT -p tcp -m tcp -m multiport --dports 80,443 -j ACCEPT
<insert further allowed list here>
iptables -A INPUT -m conntrack -j ACCEPT --ctstate RELATED,ESTABLISHED
iptables -A INPUT -m state --state ESTABLISHED,RELATED -j ACCEPT
iptables -A INPUT -j DROP
iptables -A OUTPUT -m state --state ESTABLISHED,RELATED -j ACCEPT
iptables -A OUTPUT -j DROP
iptables -A FORWARD -m state --state ESTABLISHED,RELATED -j ACCEPT
iptables -A FORWARD -j DROP