Sim, eles são diferentes. Display Port é uma tecnologia passiva de áudio/vídeo, Thunderbolt é uma tecnologia de dados genéricos activa. O hardware dentro do cabo é necessário para obter a transmissão de dados completa. Um cabo Display Port só transportará vídeo/áudio para um monitor anexado*, enquanto um cabo Thunderbolt é capaz de transportar todo o tipo de outros dados, o que é necessário para a sua doca com múltiplos tipos de portas.
Enquanto se pode escapar com a ligação de um monitor ao Thunderbolt com um cabo mini-DP, isso é o fim da corrente.
Para se ligar à corrente, tem de ter a cablagem Thunderbolt ao longo de toda a corrente.
Veja A tecnologia dentro do cabo Thunderbolt de $50 da Apple
Thunderbolt transporta vídeo Displayport 1.1a, e não funcionará com alguns monitores mais recentes, incluindo monitores de 4k. Será necessário pelo menos cabos DP 1.2 spec para alimentar os monitores de 4k.
Thunderbolt também transporta dados - 4 canais PCI-E de alta velocidade - para além do DP 1.1a.
*: Ou, para múltiplos monitores, todos os dispositivos suportam DP 1.2 com MST.